Doxygen è un sistema di documentazione per C++, C, Java, Objective-C, Python, IDL (sapori Corba e Microsoft), Fortran, VHDL, PHP, c# e in qualche misura D. Può generare un browser di documentazione on-line (in HTML) e/o un manuale di riferimento off-line (in $mbox {LaTeX} $) da un set di file di origine documentata. C'è anche il supporto per generare output in formato RTF (MS-Word), PostScript, PDF con collegamenti ipertestuali, compresso HTML e le pagine man di Unix.